故事的主人公是父親失蹤後，在柳生道場暫代師傅職位的在校生柳生宗朗。他對學生會進行的“豐臣狩獵”行動抱有疑問而主動和執行部保持了距離。然而有一天，柳生宗朗突然收到學生會的命令，要求他明天立刻交出道場。當天晚上，柳生宗朗和平日一樣在道場進行修煉，突然間從屋頂上掉下來一名手持兵刃的美少女。之後，這名自稱柳生十兵衛三嚴的美少女用華麗的劍術擊退了突然來襲的風紀委員長服部忍群，從這之後，就不斷有繼承了歷史名將名稱的美少女出現在柳生宗朗面前。
